Nel 1577, per sfuggire alla peste, la famiglia Merisi lasciò Milano per tornare al paese, tuttavia il padre contrasse la malattia ed ivi morì dopo poco tempo, seguito dal nonno Bernardino e lo zio Pietro.
A soli 13 anni, terminata l'epidemia in città, il giovane Merisi fu mandato a lavorare a bottega a Milano presso il laboratorio di Simone Peterzano[12], pittore del manierismo lombardo che si professava diretto allievo di Tiziano (si veda l'iscrizione in calce al suo autoritratto). Il contratto di lavoro, datato 6 aprile 1584, è firmato dalla madre, per poco più di quaranta scudi d'oro. Secondo i biografi Mia Cinotti e Gian Alberto dell'Acqua, "il contratto di apprendistato col Peterzano, del 6 aprile 1584, sanzionava certamente un rapporto già in atto, perché Michelangelo risulta abitante nella casa del maestro."[13] Le varie date dei documenti sono certe, considerando che in quel periodo era appena stato riformato il calendario.